按照《规划》要求，“十三五”期间，我市将深入推进治水治气治土三项重点任务，持续改善环境质量，到2020年，湖州市市控以上地表水监测断面达到或好于III类水质比例达到95%以上，环境空气PM2.5下降到42微克/立方米;同时，进一步优化产业结构，到2020年，全面淘汰重污染、高耗能的落后设备及工艺，腾出50万吨标准煤的用能空间。
治水：全市完成2200公里河道清淤
95%以上市控以上监测断面达到Ⅲ类水
“五水共治”让身边出现了越来越多“清清的河”，目前，我市已经提前完成了“到2017年底全面剿灭劣V类水水质断面”的省定目标。按照《规划》要求，到2020年，市控以上地表水监测断面达到或好于Ⅲ类水质比例达到95%以上。
“十三五”期间，我市将继续推进苕溪清水入湖河道整治、杭嘉湖环湖河道整治、太嘉河、扩大杭嘉湖南排等四大重点水利工程，重点实施环湖大堤后续工程、苕溪清水入湖后续工程、太嘉河及环湖河道后续工程等三大后续工程。
全面开展河湖库塘清淤治污，到2020年，全市完成2200公里河道清淤、清淤土方4800万立方米，并根据河道回淤情况长期坚持轮疏清淤。加快农村河道和河沟治理，完成农村生态河道治理400公里，完成农村河沟综合整治90公里。
在工农治污方面，我市将持续发力，2018年底前，所有工业集聚区和工业平台完成污水集中处理设施规范建设并安装监控设备。继续实施畜禽和温室龟鳖养殖业“双控”工作，生猪年存栏量控制在40万头以下，商品温室龟鳖全面清零。
同时，强化河道长效管理，全面建立完善河长体系，将所有河道纳入长效管理范围，强化水环境质量目标管理，落实长效保洁，实施生态修复，确保河道环境优美、水清岸绿。“十三五”期间，我市还将加强退化湿地的恢复和治理，开展湿地污染整治、湿地功能恢复、湿地公园建设，维护湿地系统的自然生态特性和基本功能。到2020年，建成湿地自然保护区2个，湿地自然保护小区8个，湿地公园5个，重要湿地39个，湖州市湿地保护面积达到90%以上。