据环保部南京环境科学研究所所长、全国生态保护红线划定技术组组长高吉喜介绍，其实早在2000年前后，就有一些县市在生态建设中开始摸索生态保护红线的划定工作。2011年，国务院发布的《关于加强环境保护重点工作的意见》中首次提出“划定生态红线”。2013年，环境保护部开展4省(区)划定试点。
党的十八届三中全会将划定生态保护红线作为加快推进生态文明建设的重点改革任务。2015年，党中央、国务院《关于加快推进生态文明建设的意见》和《生态文明体制改革总体方案》都明确提出，要在重点生态功能区、生态环境敏感区和脆弱区等区域划定生态红线，确保生态功能不降低、面积不减少、性质不改变;要将用途管制扩大到所有自然生态空间，划定并严守生态红线，严禁任意改变用途，防止不合理开发建设活动对生态红线的破坏。
2015年我国发布了《生态保护红线划定技术指南》。这两年来，国家层面和地方都在生态保护红线划定与管理方面积累了很好的经验。高吉喜认为，正是基于长期的实践，划定并严守生态保护红线也因此被列为全面深化改革任务，被纳入《环境保护法》和《国家安全法》。
多数省份生态红线保护区域面积占其辖区面积的三成以上，并配以严格的惩罚问责机制