2015年11月27日，环保部又公开批评15个项目的建设单位和编制环境影响报告书的环评单位弄虚作假。15个项目环评报告书公众参与中的“公众”，要么无法取得联系，要么回应说未填过调查表。环保部斥责，这些项目环评公众参与实际上是在走形式。
治标的同时，治本的制度建设也紧紧跟上。
2015年11月1日，环保部修订后的《建设项目环境影响评价资质管理办法》正式实施，“从制度设计上彻底解决‘红顶中介’问题”。
比如，不再将环评机构评价范围等级与环保部门审批级别挂钩，明确规定负责审批或核准环评文件的主管部门及其所属单位出资设立的企业、从事技术评估的企业，均不得申请环评资质。
新管理办法还建立了从国家到地方的四级诚信档案数据库，对环评机构和从业人员违法违规行为及时进行记录，并向社会公布。
标本兼治措施下，红顶环评机构脱钩迅速推进、如期完成：2015年年底，环保部直属的8家环评机构率先完成了脱钩，到去年底，所有地方环保部门350家环评机构分两批已经全部完成了脱钩任务。其中176家取消或者注销了资质，174家由原环评机构职工自然人出资设立环评公司或者整体划至国有资产管理部门。
“这意味着从今年开始，不论是人还是资产，没有一家环评机构跟环保部有任何关系，我们把这件事情切割得干干净净。”陈吉宁说。
基础性制度变革：把环评要求都落实在排污许可证上
排污许可证制度，是陈吉宁上任后力推的又一重大举措，也被环保系统内人士评价为中国环境治理的基础性制度的重大变革。
2016年11月21日，国务院发布《控制污染物排放许可制实施方案》，进一步落实中央关于改革环境治理基础制度的部署，对污染物的排放者和管理者提出了新的要求。
而事实上，在这之前，陈吉宁已在多个场合透露了这一改革的信号。
2015年的国合会年会上，陈吉宁表达了许可制改革的最终目标：以排污许可制度为核心，整合各项环境管理制度，建立统一的环境管理平台，实现排污企业在建设、生产、关闭等生命周期不同阶段的全过程管理;实行一企一证;实行“一证式管理”;明晰各方责任，强化监管，落实企业的诚信责任和守法主体责任，推动企业从被动治理转向主动防范。
这之后，排污许可制改革成为了环保部低调推行的重要任务之一。2016年1月11日，环保部成立了排污许可证实施领导小组，并设置了综合组、大气组和水组3个工作组，开始部署地方试点工作，目前，海南省已经拿到了环保部批复的排污许可证试点工作方案，开始深耕这块改革的试验田。
在2016年全国环境保护工作会议上，陈吉宁又发出信号：“所有固定污染源的企业排污许可制工作，先选择污染物排放量较大、管理基础较好的行业和地区开展试点，到2020年实现许可证发放覆盖所有固定污染源。”
陈吉宁强调，固定污染源的企业排污许可制，要整合固定源环境管理的相关制度，实现一企一证、分类管理，强化证后监管与处罚，使这项制度成为固定点源环境管理的核心制度。
整合环境影响评价、“三同时”验收、主要污染物总量控制、排污申报、排污权交易等制度，将许可制度与前置审批、过程监管、违规处罚等相衔接，实现制度关联衔接、目标措施一体。
同时，陈吉宁还强调要落实企业主体责任，实行企业自主申请、举证、监测、公开的管理制度。建设国家污染源数据库，构建国家统管、四级联网、面向公众、社会公开的信息平台。
在2017年3月9日的发布会上，陈吉宁又表示，环评改革要与排污许可证制度衔接，把环评要求的每一项环保措施落实在排污许可证上，作为下一步企业投产运行的守法依据，也作为环保人员执法的依据。
“我们希望通过这样的工作，一方面简政放权，另一方面通过加强事中事后监管，切实发挥环评的预防作用。”
